更には本草学の発展とも関連し、園芸は全国的な展開を見た。またごく初期には上方で発展が始まったことは他の文化と同様であるが、かなり早くから江戸でも発展が見られたことも特徴で、これは将軍とのつながりからも頷けることである。これら上方や江戸以外でも、熊本、伊勢、久留米、名古屋などで地域独特の園芸文化も花開いた。熊本の「肥後六花」（肥後椿、肥後山茶花、肥後菊、肥後芍薬、肥後朝顔、肥後花菖蒲）や伊勢の伊勢菊、伊勢撫子、伊勢花菖蒲、また久留米の久留米ツツジなどは有名である。図譜類、園芸書の出版も相次ぎ、音楽作品にも「椿尽し」（松島検校作曲）や「桜尽し」、「つつじ」（佐山検校作曲）（共に地歌・箏曲）をはじめとして、園芸植物の品種を多数詠み込んだ楽曲がいくつも作られたりもした。例えば「椿尽し」にはツバキが22品種も詠み込まれている。これらを見ても当時、園芸がいかに文化として大きな地位を築き上げていたかが想像できる。
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江戸時代初期には、安土桃山時代から引き継ぐ形で、まずシャクヤク、キク、ボタン、ツバキ、ツツジなどが盛んになり、やがてカキツバタ、マツモトセンノウ、アサガオ、ナデシコ、サクラソウ等が加わった。更に江戸時代中期から幕末にかけカエデ、オモト、マンリョウ、マツバラン、セッコクのような葉の変異を追求する植物が非常に増えた。日本文化の中心は照葉樹林帯にあり、ここに産する植物に葉の美しいものが多かったためもあるであろう。